Damon Kaito est un lycéen à l'école privé "Root Academy". Il est sélectionné à Phi Brain pour ses incroyables capacité mentales. Un jour lui et son amie d'enfance Nonoha, découvre le "puzzle irrésolvable", caché dans des ruines près de son école. Ce puzzle se révèle être le dangereux "Puzzle du Sage" créé par la société POG. C'est alors le commencement d'une bataille de puzzle contre POG.